หน่วยวิจัยปะการังและสัตว์พื้นทะเล  เป็นหน่วยวิจัยหนึ่งใน สถานวิจัยความเป็นเลิศความหลากหลายทางชีวภาพแห่งคาบสมุทรไทย  คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ จัดตั้งขึ้นเพื่อทำกิจกรรมทางวิชาการ ทั้งการศึกษาวิจัย และการให้บริการทางวิชาการเพื่อนำความรู้ไปสู่ชุมชน และเป็นประโยชน์ต่อการจัดการทรัพยากรธรรมชาติทางทะเลของประเทศ  มีการบริหารจัดการเป็นกลุ่มงานต่างๆ ดังนี้

กลุ่มงานด้านระบบนิเวศแนวปะการัง
         มีภารกิจในการศึกษาสถานภาพแนวปะการัง รวบรวมชนิดพันธุ์ปะการังในบริเวณต่างๆ ของอ่าวไทย และทะเลอันดามัน การศึกษาพรรณปลาในแนวปะการัง พันธุศาสตร์เชิงโมเลกุลของปะการังและสิ่งมีชีวิตในแนวปะการัง การศึกษาช่วงเวลาผสมพันธุ์ของปะการัง องค์ความรู้เกี่ยวกับปะการังเทียม และการจัดทำแผนการจัดการทรัพยากรทางทะเลและชายฝั่ง

กลุ่มงานสัตว์พื้นทะเล
         มีภารกิจการศึกษาและจำแนกชนิดสัตว์พื้นทะเลในประเทศไทย โดยเฉพาะพื้นที่แปลงสัมปทานปิโตรเลียมในอ่าวไทย และหาดทรายทั่วประเทศ ซึ่งได้เก็บรวบรวมตัวอย่างสัตว์พื้นทะเล มาตั้งแต่ปี 2542 จนถึงปัจจุบัน มีตัวอย่างสัตว์พื้นทะเลมากกว่า 16,000 ตัวอย่าง มีจำนวนชนิดมากกว่า 600 ชนิด

กลุ่มงานสารสนเทศภูมิศาสตร์
         มีภารกิจในการรวบรวมและจัดเก็บข้อมูลด้านทรัพยากรความหลากหลายทางชีวภาพให้เป็นระบบ และนำเสนอในรูปแบบที่ง่ายต่อการใช้งาน และการประมวลผลเพื่อการจัดการความหลากหลายทางชีวภาพทางทะเลและชายฝั่ง โดยมีผลงานที่สำคัญ คือ ฐานข้อมูลและสารสนเทศภูมิศาสตร์ความหลากหลายทางชีวภาพและทรัพยากรทางทะเลในลุ่มน้ำทะเลสาบสงขลา ฐานข้อมูลสารสนเทศภูมิศาสตร์ปะการังเทียมของประเทศ ฐานข้อมูลความหลากหลายของสิ่งมีชีวิตในพื้นที่แหล่งอนุรักษ์ทะเลอันดามัน และฐานข้อมูลสัตว์พื้นทะเลในน่านน้ำไทย

กลุ่มงานบริหารจัดการองค์กร
         มีภารกิจในการประสานงานโครงการกับหน่วยงานภายนอก  การจัดทำเอกสาร สื่อ ตลอดจนงานธุรการต่างๆ เพื่อสนับสนุนการทำงานของหน่วยวิจัยฯ โดยมีงานสำคัญ ได้แก่ การจัดทำเอกสารเพื่อเสนอพื้นที่แหล่งอนุรักษ์ทะเลอันดามันให้ขึ้นทะเบียนเป็นมรดกโลกทางธรรมชาติ การศึกษาความหลากหลายทางชีวภาพและทรัพยากรทางทะเล ลุ่มน้ำทะเลสาบสงขลา และการจัดทำหนังสือเพื่อเผยแพร่ความรู้สู่ประชาชน